Il progetto della chiesa di San Francesco, in stile gotico lombardo, è opera dell’architetto Guglielmo da Camino. La chiesa sorge nell’anno 1379, un anno dopo la costruzione dell’adiacente convento francescano. All’origine ha dimensioni ridotte e orientamento diverso. Viene completamente ricostruita alla metà del Quattrocento, quando si completa il campanile, ricavato forse da un’antica torre di difesa e si realizza la cella campanaria.
Assume l’attuale aspetto solo con i restauri di metà Ottocento, dopo la soppressione del convento seguita alla dominazione napoleonica e con gli interventi definitivi di fine secolo quando si ripristina il disegno gotico e si aggiungono i cinque pinnacoli sul tetto.
La chiesa conserva antiche opere d’arte come il Battesimo di Gesù di un pittore di scuola lombarda, che risente influssi leonardeschi o la tavola con s. Dionigi con i membri incappuciati della confraternita, attribuita al vigevanese Bernardini Ferrari o un antico ritratto di San Francesco o il pregevole reliquiario quattrocentesco di santa Giuliana.
Il grande organo a canne posto in Presbiterio, tra i più integri della città, costruito dai Lingiardi di Pavia nel 1860.
